Om iets van de principes van kleurvererving te kunnen begrijpen is het noodzakelijk eerst iets over de basis van de erfelijkheidsleer (genetica) te weten. Erfelijkheid houdt in dat de eigenschappen van de ouders op hun nakomelingen worden overgebracht. Dat geldt voor uiterlijke en zichtbare eigenschappen, maar ook voor niet-zichtbare (verborgen) eigenschappen. Het dierlijke lichaam is opgebouwd uit miljoenen, microscopisch kleine, cellen. Elke cel heeft een kern, waarin zich de chromosomen bevinden die de erfelijke informatie bevatten. Alle erfelijke eigenschappen die een dier kan doorgeven liggen als het ware genoteerd op deze chromosomen. Een eicel en een zaadcel bevatten elk de helft van de genetische informatie van de moeder, respectievelijk de vader. Bij de samensmelting van één eicel met één zaadcel ontstaat een bevruchte eicel. Deze bevruchte eicel bevat weer de volledige erfelijke informatie, die voor de ene helft afkomstig is van de moeder en voor de andere helft van de vader. Bij iedere bevruchting wordt niet steeds exact dezelfde informatie via eicel en zaadcel afgegeven, deze wisselt nogal. Vandaar ook dat volle broers en zussen niet altijd exact op elkaar lijken.

Een voorbeeld:
Eén van de eigenschappen die op de chromosomenparen vastligt is de eigenschap voor het geslacht van het nieuwe veulen. Bij een vrouwelijk dier ( merrie) zijn deze altijd gelijk en worden weergegeven als XX. Bij een hengst zijn deze ongelijk en worden weergegeven als XY.  De merrie geeft één van haar beide X’en op de eicel door. De hengst geeft een X of een Y via de zaadcel door.

Bij de bevruchting gaat het dan als volgt: Geeft de hengst een X door dan wordt het geslacht van het veulen, met de X van de merrie erbij, XX en dus wordt het een merrieveulen. Geeft de hengst echter de Y door dan wordt het een hengstveulen. Want de X van de moeder met de Y van de vader geeft XY en dat is de code voor het mannelijke geslacht. Zo gaat het eigenlijk voor alle andere eigenschappen precies hetzelfde, en dus ook voor de haarkleur van het nieuwe veulen.

Op de chromosomen liggen de genen, die allemaal een stuk erfelijke aanleg voor een bepaalde eigenschap bevatten. Deze genen blijken vaste plaatsen op de chromosomen te hebben. Doordat de chromosomen in paren gerangschikt zijn, is ook elk gen dubbel aanwezig. Als door de vereniging van twee geslachtscellen op een bepaalde plaats op de chromosomen twee dezelfde genen aanwezig zijn, heet het ontstane individu homozygoot of fokzuiver. Als op dezelfde plaats twee verschillende genen zich verenigen ontstaat een heterozygoot of fokonzuiver organisme.

Als een pony fokzuiver is voor een bepaalde eigenschap zal ze altijd die eigenschap doorgeven aan haar nakomelingen. Vervolgens is het dan nog van belang of deze eigenschap dominant dan wel recessief is. Hiervan hangt het af of deze bepaalde eigenschap ook inderdaad bij het veulen is te herkennen.

Homozygoot wordt aangeduid met twee gelijke letters, bijvoorbeeld PP en pp. Heterozygoot wordt aangeduid door twee ongelijke letters, bijvoorbeeld Pp.

Een hoofdletter staat daarbij voor dominant, een kleine letter voor recessief.

Een paar voorbeelden:
De eigenschap voor de haarkleur vos wordt aangeduid door de letter a. Omdat deze eigenschap recessief is wordt hiervoor de kleine letter gebruikt. De eigenschap voor de haarkleur zwart wordt aangeduid door de letter B. Deze is dominant ten opzichte van vos en wordt dus door een grote letter weergegeven. Gaan we nu een fokzuivere zwarte paren aan een (fokzuivere) vos dan krijgen we het volgende:

Een fokzuiver zwarte met een (fokzuivere) vos geeft dus in alle gevallen de combinatie Ba, wat staat voor zwart. Immers de B is dominant over de a, en dus is de uiterlijke kleur van het veulen zwart. Dit veulen is dan wel fokonzuiver zwart.

Wat gebeurt er nu als we twee fokonzuivere zwarten aan elkaar paren? Deze pony’s zijn zelf allebei zwart, maar zijn hun veulens dat ook altijd?

Hier zien we dus dat in 25% van de gevallen een fokzuivere zwarte ontstaat. In de helft van de gevallen een fokonzuivere zwarte en in een kwart van de gevallen een (fokzuivere) vos. Er is bij deze combinatie dus 25% kans op een vosveulen. Vossen zijn eigenlijk altijd fokzuiver. Dit vosveulen heeft dus nergens meer een verborgen genetische eigenschap voor zwart, die eventueel bij nakomelingen terug kan komen. Daarom geldt ook altijd de stelregel: vos x vos geeft altijd vos!

Bovenstaande zijn twee eenvoudige en vaak voorkomende voorbeelden. De haarkleur van een pony wordt echter niet door één maar door een groot aantal genenparen bepaald. Is de combinatie vos en zwart nog een relatief eenvoudige, bij bonten wordt het al wat ingewikkelder. De genetische code voor bont is PP of Pp (Platenbont).

De platenbont-factor wordt een wijzigingsfactor genoemd, evenals roan en grijs.

Deze wijzigingsfactoren zijn zelf geen kleur, ze kunnen niet zonder een hoofdkleur optreden.

Wanneer de platenbont-factor aanwezig is, komt deze ook geheel tot uiting en is het paard steeds bont. De factor is dus dominant en een zuiver en onzuiver platenbonte zijn uiterlijk gelijk. Een platenbonte pony heeft dus altijd minstens één bonte ouder.

Als we een (fokonzuivere) bonte paren aan een (fokonzuivere) bonte zien we het volgende:

We krijgen dus in driekwart van alle gevallen een zwartbont veulen, slechts de erfelijke combinatie ppBB geeft een zwart veulen (vanwege de kleine letters p, de B is hier overheersend (dominant) en geeft dus de effen zwarte haarkleur).

In een kwart van de gevallen is sprake van een fokzuivere zwartbonte (PPBB), in de helft van de gevallen krijgen we een fokonzuivere zwartbonte (PpBB). Het zwarte veulen uit deze combinatie is zijn bontfactor verloren en zal hem nooit meer kunnen doorgeven. Het is een gewoon fokzuivere zwarte pony.